昭和55年11月に，食品の安全や品質管理に係る微生物検査、研究を担当される各専門分野の方々が一堂に会して十分に討議し、互いの知識、技術の情報交換を密にして、研究の一層の発展を図る目的で，本学会の前身である「食品衛生微生物研究会」が発足しました。

その後、対象とする研究分野の拡大を図り、名称変更とともに学会として改組し、平成2年4月「日本食品微生物学会」として出発しました。