技術セミナー

Technology seminar

2024年度日本食品微生物学会技術セミナー 西日本（大阪）開催案内（第二報）

以下のとおり、2024年度日本食品微生物学会主催技術セミナーを開催します。本セミナーは、遺伝子解読技術（いわゆる次世代シーケンサー、NGS）の活用と基本的なデータの取り扱いに関する知識の向上を目的として、講義と実習を行うものです。病原体をはじめとする微生物をNGSで解読したものの、データの扱いがわからない、そこから先どのように進めれば良いか相談したい、といった方を対象としています。なお、本セミナーでは細菌叢解析などのメタゲノムデータは取り扱いませんのでご注意ください。また、本講で主に扱うのはショートリードデータ (Illumina) となりますので、合わせてご注意のほどお願いいたします。 １日目の夜には情報交換会（追って参加予定者にご連絡いたします）を行い、NGSを利用する上で皆さまが直面している課題、トラブルシューティングなどをより深く共有し、向上できる機会となるように企画しております。
皆さまのご参加をお待ちしております。

開催日程

2024年11月9日（土）、10日（日）

9日 ： 13時00分～16時46分
10日 ： 9時30分～16時45分
研修会場
大阪公立大学　I-site なんば
〒556-0012 大阪市浪速区敷津東2-1-41）
定員
12名（6/1よりお申し込み開始、先着順とさせて頂きます）
※WindowsノートPC（OS:Win10以上、メモリ：8GB以上、CPU intel 8th gen以上、無線インターネット接続可能なもの）をご持参ください。
※事前にWSL2 Ubuntuをインストールお願いします。必要に応じて支援しますので、お気軽にご連絡ください。
主な講師
  • 野本 竜平（神戸市健康科学研究所感染症部）
  • 和田 崇之（大阪公立大学大学院　生活科学研究科）
講義内容
NGS解析の基礎知識、UNIXコマンドの基礎知識、リードデータの初歩的取り扱い、アセンブリ・マッピング解析の基本、他
実習内容
コマンドラインの基礎、アセンブリ・マッピングの実践、分子系統樹の画出、他
参加費用
正会員（本人に限る） ： 　５,０００円
賛助会員（所属機関が推薦する2名まで） ： 　５,０００円
一般（購読会員・非会員） ： １０,０００円
振込先
りそな銀行市ケ谷支店　普通預金口座：０３８３３７８
口座名義：日本食品微生物学会事務局
参加方法
参加申し込みはGoogleフォームで受け付けます。2024年6月1日に本食品微生物学会のHP上でフォームのURLを公開する予定ですので、フォームに必要事項を記入の上参加申し込みをお願いいたします。ご不明な点は下記までお問い合わせください。申込書に必要事項を記入し、メール添付にて、下記事務局にお送りください。
お問合せ・お申し込み

大阪公立大学　和田　崇之
住所：〒558-8585　大阪市住吉区杉本3-3-138　生活科学研究科食栄養学科微生物学教室内
TEL：06-6605-2910
E-mail : twada@omu.ac.jp（スタッフ不在のため、できる限りEメールをご利用ください）

予定スケジュール

第1日

13:00-13:05 ： 開講の挨拶
日本食品微生物学会理事 大阪公立大学大学院教授 山崎伸二
13:05-16:15 ： 講義
  1. NGS解析の基礎
  2. UNIXコマンドについての基礎知識
  3. 微生物のバイオインフォマティクス解析の現状（できることできないこと）
 実習
  1. Minicondaを用いた汎用ツールのインストール
  2. fastqファイルのトリミング
  3. ゲノムアセンブリ
16:15-16:45 ： 質疑応答
大阪公立大学大学院教授　和田崇之
神戸市健康科学研究所感染症部副部長　野本竜平

第2日

　　　　 　 　　　　　 　 　　
9:30-12:00 ： 講義
  1. SNP解析の基礎
 実習
  1. 細菌ゲノム配列を用いたSNP解析
  2. 系統樹作成等結果の図示
12:00-13:00 ： 昼食
13:00-16:15 ： 実習
  1. 午前中の続き
16:15-16:45 ： 質疑応答
大阪公立大学大学院教授　和田崇之
神戸市健康科学研究所感染症部副部長　野本竜平
　

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